Створений з метою забезпечення охорони археологічних, історичних пам’яток і неповторних пам’яток природи, загальна площа заповідника становить 590 га.  На його території розміщено 81 археологічну, 9 природничих та 9 історичних пам’яток, серед яких – Трахтемирівське скіфське городище, стоянка часів мустьєрської культури, залишки храмів Трахтемирівського монастиря, козацький цвинтар у селі Трахтемирів, багатошарове поселення на горі Городки, а також – пам’ятки природи: Канівські дислокації, Рожина Криниця, заповідні урочища. Трахтемирівська земля завдяки унікальності своєї природи приваблює науковців різноманітних галузей: археологів, істориків, геологів, зоологів, іхтіологів, орнітологів тощо. Тут розташовані гори, зручні надзаплавні тераси і відомі ще з доісторичних часів канівські кручі, тож з давніх-давен на цьому місці виникали людські поселення.  В часи Київської Русі тут існувало місто Заруб, у 1147 році у літописі згадується Трахтемирівський монастир, який побудували на місці Зарубського монастиря, що був зруйнований татарами. У 1576 році при монастирі функціонував госпіталь для немічних козаків.

У 1578 році польський король Стефан Баторій заповів Трахтемирів козакам, тут збудували фортецю, яка стала їхньою неформальною столицею, де обирали гетьманів, зберігали припаси і приймали послів. Фортеця стала форпостом народних повстань, у 1665 році під час придушення одного з таких селянсько-козацьких повстань проти польської шляхти місто і монастир зруйнували, залишки фортеці не знайдено, на місці монастиря встановили пам’ятний хрест, залишився лише козацький цвинтар. Тепер на цих землях існує персональне мисливське господарство, яке належало екс-голові „Нафтогазу“ Ігореві Бакаю, а пізніше було передано іншим приватним особам, тут також розташований приватний заповідник: „Аграрно-екологічне об’єднання Трахтемирів“, який використовує його природу як елітні мисливські угіддя. Захоплення земель у приватні руки не сприяє збереженню первозданної природи на території заповідника, оскільки для будівництва нового маєтку власники пожертвували частиною старовинного козацького цвинтаря. Тепер тут побудований новий великий мисливський будинок у замковому стилі, поблизу якого росте ексклюзивне дерево у формі тризуба.